# Refinement with HADDOCK3

**URL:** https://ask.bioexcel.eu/t/refinement-with-haddock3/6197
**Category:** HADDOCK
**Created:** [July 16, 2026, 6:38am UTC](https://ask.bioexcel.eu/t/refinement-with-haddock3/6197 "2026-07-16T06:38:58Z")
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### Author: ![Lucas](https://avatars.discourse-cdn.com/v4/letter/l/ba8739/32.png) [@Lucas](https://ask.bioexcel.eu/u/Lucas)
#### Post date: [July 16, 2026, 6:38am UTC](https://ask.bioexcel.eu/t/refinement-with-haddock3/6197/1 "2026-07-16T06:38:58Z")

</div>

My question concerns how to implement refinement using HADDOCK3. Starting with an ensemble of protein-protein interaction complexes that received the highest scores from LightDock, I proceeded with a refinement workflow in HADDOCK3 as follows:

###############################################################################

# Output directory

###############################################################################

run\_dir = “results”

ncores = 24  
mode = “local”

###############################################################################

# Input structure(s)

###############################################################################

molecules = [  
“input/input\_ensemble\_15\_17\_56.pdb”  
]

###############################################################################

# Topology preparation

###############################################################################

[topoaa]

###############################################################################

# Energy minimization

###############################################################################

[emref]

sampling\_factor = 20

###############################################################################

# Semi-flexible refinement

###############################################################################

[flexref]

sampling\_factor = 20

###############################################################################

# Contact-based clustering

###############################################################################

[clustfcc]

min\_population = 4

plot\_matrix = true

###############################################################################

# Automatically select best clusters

###############################################################################

[seletopclusts]

top\_clusters = 3  
top\_models = 20

###############################################################################

# mdref refinement

###############################################################################

[mdref]

sampling\_factor = 2

###############################################################################

# Contact-based clustering

###############################################################################

[clustfcc]

min\_population = 4

plot\_matrix = true

###############################################################################

# Automatically select best clusters

###############################################################################

[seletopclusts]

top\_clusters = 2  
top\_models = 20

###############################################################################

# Contact map

###############################################################################

[contactmap]

###############################################################################

# Alanine scanning

###############################################################################

[alascan]

plot = true

###############################################################################

# Affinity prediction (PRODIGY)

###############################################################################

[prodigyprotein]

chains = [“A,B,C,D”, “E”]

---

<div class="post-metadata">

### Author: ![amjjbonvin](https://dub1.discourse-cdn.com/flex013/user_avatar/ask.bioexcel.eu/amjjbonvin/32/23_2.png) [@amjjbonvin](https://ask.bioexcel.eu/u/amjjbonvin)
#### Post date: [July 16, 2026, 3:09pm UTC](https://ask.bioexcel.eu/t/refinement-with-haddock3/6197/2 "2026-07-16T15:09:54Z")

</div>

I would simplify it to (added caprieval steps to collect the statistics.

And depending on the amount of clashes in your input models you might need or not the mdscoring step

---

<div class="post-metadata">

### Author: ![amjjbonvin](https://dub1.discourse-cdn.com/flex013/user_avatar/ask.bioexcel.eu/amjjbonvin/32/23_2.png) [@amjjbonvin](https://ask.bioexcel.eu/u/amjjbonvin)
#### Post date: [July 16, 2026, 3:22pm UTC](https://ask.bioexcel.eu/t/refinement-with-haddock3/6197/3 "2026-07-16T15:22:50Z")

</div>

Looks like part of my message got lost…

Here is the proposed workflow:

```auto
##############################################################################
run_dir = “results”
ncores = 24
mode = “local”
molecules = [
“input/input_ensemble_15_17_56.pdb”
]
###############################################################################
[topoaa]

[emscoring]

[caprieval]

[mdscoring]
sampling_factor = 5 # or more depending on how much sampling you want per model

[caprieval]

[clustfcc]
min_population = 4

[seletopclusts]

[caprieval]

[contactmap]

[alascan]
plot = true

[prodigyprotein]
chains = [“A,B,C,D”, “E”]

###############################################################################

```